GENOME Express annonce le lancement d'une solution complète de séquençage et d'annotation en génomique bactérienne
L'ANVAR soutient la biotech grenobloise à hauteur de 1 million d'Euros pour finaliser ce premier projet avant l'été
Grenoble, le 15 mai 2002 - GENOME express, le spécialiste des solutions à haute valeur ajoutée en génomique fonctionnelle et en pharmacogénomique, annonce la mise sur le marché d'une solution complète d'exploration et de séquençage du génome de bactéries d'intérêt thérapeutique, agroalimentaire ou environnemental. Fort de son expérience en bioinformatique et en séquençage, GENOME express entend mener à bien son premier projet portant sur la bactérie Oenicoccus Oeni d'ici l'été. La société annonce également qu'elle a obtenu de l'ANVAR une aide d'1 million d' Euros pour soutenir ce projet.
Les bactéries jouent un rôle considérable dans la santé humaine ou animale ; elles sont aussi fortement impliquées dans les procédés agroalimentaires ou industriels. La connaissance du génome des bactéries représente donc une arme très efficace pour lutter contre des maladies résurgentes (comme la tuberculose) ou des intoxications (gastro-entérite, salmonellose, listériose), pour développer de nouveaux traitements contre les infections nosocomiales (contractées en milieu hospitalier) ou pour contourner les résistances croissantes aux traitements antibiotiques.
&laqno; Notre offre est la plus performante des solutions &laqno; one-stop shopping » proposées en Europe en matière de séquençage et d'annotation », déclare Yves Laurent, PDG de GENOME express. &laqno; Non seulement les clients de GENOME express bénéficieront d'une information de qualité sur des séquences &laqno; basiques », mais ils auront également accès à des séquences renseignées et annotées, ainsi qu'à des gènes d'intérêt particulier », ajoute-t-il. &laqno; L'objectif est d'accélérer considérablement le temps nécessaire au processus de découverte et de permettre à nos clients de développer et de mettre sur le marché de nouveaux procédés thérapeutiques ».
&laqno; La décision de l'ANVAR de soutenir ce projet à hauteur de 1 million d'Euros est non seulement une contribution tangible à nos projets - elle couvre la moitié des coûts de la phase 1 du projet - mais elle représente en outre une validation forte de sa dimension innovante. », ajoute-t-il.
Avec cette nouvelle solution, les clients de GENOME express auront un interlocuteur unique pour externaliser leur R&D dans des conditions de simplicité, de rapidité et de confidentialité exceptionnelles. Cette plate-forme permet de réduire considérablement le temps nécessaire à l'exploration génomique et fait bénéficier les clients de l'expertise de GENOME express en génomique (structurale et fonctionnelle), et protéomique.
La société compte mener à bien son premier projet d'ici l'été. Ce projet porte sur le séquençage et l'annotation du génome de la bactérie Oenicoccus Oeni, en partenariat avec l'INRA de Dijon.
A sa connaissance, GENOME express est la seule entreprise européenne à proposer un service aussi complet, intégré et d'une telle qualité. Ce nouveau service va en outre donner à GENOME express la capacité d'étendre sa propriété industrielle grâce à de nouvelles collaborations ou contrats en R&D avec le secteur industriel.
Ce nouveau service tire parti du savoir-faire de GENOME express dans quatre champs complémentaires, nécessaires au séquençage complet d'un génome :
- Banque d'ADN ;
- Séquençage à haut débit, incluant la compréhension et l'optimisation des protocoles et techniques fondés sur les séquenceurs capillaires des deux leaders de l'instrumentation ;
- Finalisation et assemblage, comprenant le développement d'outils propriétaires destinés à la sélection et à l'amélioration des techniques permettant de fournir des séquences complètes ;
- Annotation - GENOME express est membre fondateur de Genostar, consortium bioinformatique consacré à la génomique exploratoire.
Par ailleurs, la région Rhône-Alpes offre des atouts incontestables : GENOME express a accès à de larges banques de données en protéomique, constituées par le CEA de Grenoble, et travaille également avec de prestigieux laboratoires spécialisés dans les domaines de la vaccination, du diagnostic et de la santé animale.
Note aux journalistes/analystes :
La génomique bactérienne est un domaine de recherche très important, en raison du rôle des bactéries dans la santé humaine ainsi que dans des activités industrielles comme l'agroalimentaire (ferments pour la bière, les produits laitiers, le vin ; enzymes d'intérêt industriel, etc.). Dans le domaine de la santé humaine, les bactéries sont impliquées dans la recrudescence des maladies résurgentes comme la tuberculose, la maladie mortelle la plus répandue au monde (3 millions de morts en 2000) les résistances aux antibiotiques, les intoxications comme la gastro-entérite, la listériose et la salmonellose, ou encore les infections nosocomiales en développement constant. Dans le secteur agroalimentaire, les bactéries jouent un rôle clé dans les processus de fermentation. Des bactéries sélectionnées peuvent conférer des avantages compétitifs importants : elles peuvent par exemple constituer la base de nouvelles molécules insecticides. Dans d'autres champs industriels, les bactéries sont appelées à jouer un rôle croissant dans la lutte contre certaines pollutions ou dans la résistance aux conditions climatiques extrêmes.
A propos de GENOME express
GENOME express, société française basée à Grenoble, développe et commercialise des solutions à haute valeur ajoutée pour la génomique fonctionnelle. Son expertise couvre des disciplines très diverses et complémentaires dont la microbiologie (fabrication de banques), la biologie moléculaire (séquençage à haut débit) et la bioinformatique (logiciel déposé). Une plate-forme intégrée, comprenant génomique et protéomique, qui permettra à GENOME express de s'engager dans la découverte de nouvelles cibles, est en cours de développement. Siparex Ventures est l'un des principaux acteurs de la levée de fonds avec Sud Partners (branche gestion de fonds de Sudinnova). On compte parmi les autres investisseurs 3i, investisseur institutionnel originel, la Compagnie Financière Edmond de Rothschild, Aquasourça, SPEF Venture et Biotek Partenaires. Depuis le tour de table, la société a reçu une aide à l'innovation de 1 million d'Euros de l'Anvar.
Contact GENOME express
Françoise Laurent
La plupart de l'ADN des bactéries a une fonction spécifique, mais le génome des bactéries est composé d'un petit nombre de gènes.
Exemple:
- Mycoplasme
- Environ 350 protéines
- Deux jeux de gènes ribosomiques
- Environ 40 gènes spécifiant des ARN de transfert
Soit environ 400 gènes, ce qui semble constituer un minimum pour avoir une vie autonome.
Mais généralement, chez les bactéries, le nombre de gènes varie entre 500 et 8'000 (voir limites du nombre de gènes). Ces gènes n'ont généralement pas d'intron.
On a aussi observé que la taille des génomes bactériens ne semble pas distribuée de faon continue, mais de faon discrète. On en a déduit que le génome des bactéries aurait évolué ˆ partir de petits génomes par une succession de duplication globales des génomes qui se seraient produites plusieurs fois au cours de l'évolution dans plusieurs lignages, vraisemblabement après l'apparition de l'oxygène sur la Terre (il y a 
2 milliards d'années).
Augmentation globale de la taille du génome
La duplication entière du génome d'un organisme est une cause majeure de l'augmentation de la taille des génomes des procaryotes aux eucaryotes.
Mécanisme
- Non ségrégation des chromosomes fils lors de la méiose
Conséquence
- Les gamètes ont la mme ploidie que les cellules somatiques.
On pense que ce mécanisme a été important au cours de l'évolution, car on constate, comme chez les bactéries, que certaines familles d'eucaryotes présentent des espèces o les tailles des génomes sont distribuées de faon non continue. Chez les plantes, en particulier, les polyploidisations sont fréquentes. Elles ont souvent lieu lors de phénomènes d'hybridisation. C'est un mécanisme efficace pour créer de nouvelles espèces en cas d'autofécondation (voir la partie du cours sur la sélection disruptive)
la cellule procaryote est une cellule ne presentant pas d'organites membranaires comme le réticulum,les dictyosomes, les mitochondries,l'enveloppe nucléaire, et des RNA,notament dans ses ribosomes.
les bacteries constituent le regne des Procaryotae qui comprend quatre divisions selon l'édition 1984 du BERGEY'S Manual of determinative bacteriologiy
Division I : Gracilus (paroi de type Gram negatif)
Gracilis cutis = peau fine
- Classe 1 : Scotobacteria, bacteries non photosynthetiques
-Bacteries chimiolithotrophes (Nitrosomonas, Nitrobacter,thiobacillus................)
-Myxobacteries(bacteries possédants des corps fructifiants, glissantes , à paroi fine)
-Bacteries à trichomes (bacteries formant des filaments non ramifiés)
-Bacteries apendiculées et bacteries bourgeonnante
-Spirochètes
-Bacteries à Gram négatif, aérobies ou micro-aérophiles(Pseudomonas, Azotobacteriaceae, Rhizobiaceae, Neisseriaceae, Alcaligenes.....)
-Bacteries à Gram négatif, aéro-anaerobies (Enterobacteriaceae, Vibrionaceae,Pasteurellaceae.)
-Bacteries à Gram négatif, anaérobies strictes (Bacteroidaceae, Veilonellaceae, bacteries sulfato-réductrices, Rickettsia et Chlamydiae)
- Classe 2 :Anoxyphotobacteria, bacteries photosynthetiques anaérobies
(photosynthese de type non végétal, réducteur différent de l'eau)
- Classe 3 : Oxyphotobacteria, bacteries photosynthétiques aérobies (cyanobacteries)
(photosynthese de type végétal, réducteur eau)
Division 2 : Firmicutes (paroi de type Gram positif)
Firmus cutis = peau dure
- Classe 1 : Firmibacteria
-Bacteries à Gram positif, sporulée:
Bacillaceae (aérobies) ; Clostridium (anaérobies stricte)
-Bacteries à Gram positif , non sporulées :
coques ( Staphylococcus, Strptococcus..........); bacilles ( Lactobacillus, Corynebacterium, Listeria, Erysipelothrix).
- Classe 2 : Thallobacteria
-Actinomycètes
Division 3 :Tenericutes (absence de paroi)
Tener cutis = peau tendre
- Classe 1 : Mollicutes (mycoplasmes)
Division 4 : Mendosicutes
Mendosus cutis = peau défecteuse
'A la limite du nouveau régne, ces bacteries possedent de nombreux caracteres communs avec les cellules eucaryotes mais aussi des caracteres communs avec les celules procaryotes.
- Classe 1 : Archaeobacteria ( archaéobactéries)
